A falta ao curso teórico de aprendizagem pode ser descontada no salário do aprendiz?

Sim, pois as horas dedicadas às atividades teóricas também integram a jornada do aprendiz, podendo ser descontadas as faltas que não forem legalmente justificadas (art. 131 da CLT) ou autorizadas pelo empregador, inclusive com reflexos no recebimento do repouso semanal remunerado e nos eventuais feriados da semana.